日本福岛县人。1885年5月东京帝国大学医学部卒业。1898年後藤新平来台就任民政长官，为治理台湾疫病之故，乃延请高木於1902年任台湾总督府台北医院医长兼医院长，台湾总督府技师，台湾医学校教授，医学校长。1903年後再兼临时防疫委员临时防疫课长，临时防疫委员会干事，警察本署卫生课长，兼临时防疫课长，台湾地方病及传染病调查会干事及台湾中央卫生会干事等职。1909年视察欧美各国，4月1日创设台湾总督府研究所兼所长，并於1911年出版德文着作《台湾的卫生事情》。1913年高木友枝由文部省授与医学博士学位，3年後卸医学校长，专任研究所长职。1919年高木从文官休职，转任台湾电力株式会社社长，至1929年以72高龄返回日本，後於1943年逝世於东京。
参考资料
〔★林炳炎，《台湾经验的开端：台湾电力株式会社发展史》，1997〕〔→台湾总督府中央研究所〕