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1930年4月，他回到日本的东京帝国大学念地理学系。在他大学二年级的暑假，他回到台湾攀登山岳，并把其中经历写於其处女作:《山、云与蕃人—台湾高山纪行》。鹿野於1933年3月从东京帝国大学毕业，继续留在那里当研究生，他选择了台湾冰期冰河问题作为研究题目。他对雪山山脉冰蚀地形的研究，成为一篇长达106页的大论文，分期连载於《地理学评论》杂志。
1934年，还是研究生的他接下台湾总督府的邀请，到台湾担任原住民政策的顾问，方便他继续在台湾作研究。从高校时期开始至此，15年里他不间断地出入红头屿，把雅美族当做他最重要的研究课题。这次调查，他搜集了500多件民族学标本，拍了两千多张记录照片，并在东京人类学会例会上发表其成果。这个时期的鹿野在昆虫学、地理学和人类学的领域里摆荡，他主张一种跨学科研究，认为学术若局限於小框框内是无法开展的。1940年11月，他出版了论文《次高山汇之动物地理学的研究》，以长年调查的雪山山脉脊椎动作相和台湾冰期研究为基础，论述台湾岛动物相的构成。这之後，鹿野已决心要专做民族学、先史学的调查。1941年，鹿野才从京都帝国大学取得理学博士学位。
1942年，世界第二次大战在此时展开了。他被徵召到马尼拉去做学术机构整顿的工作。他趁机去做了巴丹岛的调查。从马尼拉回去日本後，鹿野专心地处理以往所有的台湾调查的资料。他把台湾先史时代设定为七个文化层—绳纹陶器、网纹陶器、黑陶、有段石斧、原东山、巨石和菲律宾铁器文化层；并进一步论及南岛语系民族的移动路径。因为这两个论点是个突破，使得台湾的比较文化史有更鲜明的轮廓，向前跨了一大步。
鹿野在37岁那年，被徵召前往北婆罗洲参加太平洋战争。一年後(1943年)，他在一场激烈的丛林战争中失踪，留下无数未完成的研究。他真是二十世纪的传奇人物，因为他亲自到野外奔走，调查台湾的地形、地理及地质史，另一方面采集哺乳类、昆虫类、鸟类、两栖/爬虫类及鱼类，全面考察台湾动物学、地理学。他深入蛮荒进行的各项调查，是近年台湾、东亚田野调查之风的始创者。
他的着作有：《台湾原住民族图谱》雅美族篇、排湾族篇；《东南亚细亚民族学、先史学研究》第一卷、第二卷。
参考资料
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