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主流河宽平均45公尺,水域面积约274.22公顷,河床宽阔,遍布卵石,以圆砾占大多数。河流弯曲,-丰富,水质清澈,污染程度甚低。因此,楠梓仙溪亦是世代居住当地原住民邹族和布农族的生态保育河川,也是-的野生动物保护区中唯一以鱼类为主的保护区,鱼类资源丰富,淡水鱼类种类有10种,其中以濒临绝种的-特有种高身铲颌鱼最为珍贵,埔里中华爬岩鳅属於珍贵稀有的保育类鱼种,全区还有包含许多保育类鸟种在内的80种鸟类。
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